Diagramme en violon
La forme de la distribution de chaque groupe (deux modes, asymétrie) que la boîte ne montre pas, avec les lettres du test de Dunn après Kruskal-Wallis.
1.Définition
La figure
La forme de la distribution de chaque groupe (deux modes, asymétrie) que la boîte ne montre pas, avec les lettres du test de Dunn après Kruskal-Wallis.
L’analyse statistique : Kruskal-Wallis
Le test de Kruskal-Wallis compare plusieurs groupes sur les rangs des valeurs, sans supposer de loi normale ; le test de Dunn dit ensuite quelles paires diffèrent.
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Comparer » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Une ou plusieurs variables numériques
- Une variable de groupe
- La correction des comparaisons de Dunn
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Repères : lettres ou crochets étoilés : Les lettres restent lisibles avec beaucoup de groupes ; les crochets montrent chaque paire significative (jusqu’à 8 paires).
- Correction de Dunn (Holm, BH, Bonferroni) : Holm par défaut : contrôle l’erreur globale sur toutes les paires sans être aussi sévère que Bonferroni.
- Palette et couleurs des groupes : Seize palettes de revue (Okabe-Ito lisible par les daltoniens par défaut), ou une couleur par groupe à la roue : gardez les mêmes couleurs d’une figure à l’autre de votre article.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour comparer plusieurs groupes quand les données ne sont pas normales (petits effectifs, asymétrie), avec un test non paramétrique.
Exemple de question : L’abondance des pollinisateurs diffère-t-elle entre les quatre habitats ?
Ce que les résultats montrent
- Si au moins un groupe tend vers des valeurs plus hautes (H, p, ε²).
- Les lettres de Dunn : « a » à la médiane la plus élevée ; deux groupes sans lettre commune diffèrent.
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- multcompView
- ggplot2
kruskal.test(y ~ groupe) → Dunn (Holm, BH)
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| kruskal.test | stats | le test global |
| dunn_test (groups.R) | moteur izistatistik | comparaisons deux à deux, vérifiées contre FSA::dunnTest |
| multcompLetters | multcompView | les lettres |
| ggplot | ggplot2 | violons, raincloud, points |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Range toutes les valeurs, calcule H et ε² par kruskal.test.
- Compare chaque paire par le test de Dunn (rangs moyens, ex æquo corrigés).
- Ajuste les p des paires, puis forme les lettres (multcompView).
- Dessine violons, raincloud ou points + intervalles avec les lettres ou les étoiles.
Formules principales
Kruskal-Wallis
H = 12 / (N(N + 1)) · Σ nⱼ R̄ⱼ² − 3(N + 1)
R̄ⱼ est le rang moyen du groupe j parmi les N valeurs. H suit un χ² à k − 1 ddl : p < α, au moins un groupe a des valeurs plus hautes ou plus basses. Taille d’effet ε² = H(N + 1)/(N² − 1).
Test de Dunn
z = (R̄ᵢ − R̄ⱼ) / √(N(N + 1)/12 · (1/nᵢ + 1/nⱼ))
Compare les rangs moyens de deux groupes (corrigé des ex æquo). |z| grand : les deux groupes diffèrent.
À citer
- Kruskal, W. H. & Wallis, W. A. (1952). Use of ranks in one-criterion variance analysis. Journal of the American Statistical Association, 47(260), 583-621. doi:10.1080/01621459.1952.10483441 (nouvel onglet)
- Dunn, O. J. (1964). Multiple comparisons using rank sums. Technometrics, 6(3), 241-252. doi:10.1080/00401706.1964.10490181 (nouvel onglet)
- Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995). Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 57(1), 289-300. doi:10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par observation, une ou plusieurs colonnes numériques et une colonne de groupe (2 à 30 niveaux).
Ce que la figure demande
- Une ou plusieurs variables numériques
- Une variable de groupe
- La correction des comparaisons de Dunn
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Pollinisateurs dans quatre habitats
Rôles : Abondance comparée entre les 4 habitats (Habitat), lettres de Dunn.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (pollinisateurs_pieges.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Diagramme en violon » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.