Diagramme de Venn
Deux à quatre ensembles en cercles (en ellipses pour quatre) qui se recoupent : chaque région porte le nombre d’éléments qu’elle contient (et sa part, au choix), chaque ensemble son nom et sa taille.
Listes et ensembles · Ensembles : Venn et chevauchements · 5 crédits
Lancer cette figure (nouvel onglet)1.Définition
La figure
Deux à quatre ensembles en cercles (en ellipses pour quatre) qui se recoupent : chaque région porte le nombre d’éléments qu’elle contient (et sa part, au choix), chaque ensemble son nom et sa taille.
L’analyse statistique : Ensembles : Venn et chevauchements
Compare des ensembles (gènes exprimés dans chaque organe, espèces de chaque site) : le diagramme de Venn compte chaque région, et chaque chevauchement est testé contre le hasard.
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Ensembles » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Un tableau de présence (une ligne par élément, une colonne par ensemble : 1/0, oui/non, une abondance) ou une colonne par ensemble qui liste ses éléments
- De deux à quatre ensembles
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Tableau de présence, listes ou effectifs : Une colonne 1/0 par ensemble, une liste d’éléments par colonne, ou directement les tailles et chevauchements par groupe.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour montrer ce que partagent des listes : les gènes exprimés dans plusieurs organes, les espèces de plusieurs milieux, les résultats de plusieurs méthodes ; avec un tableau de présence, chaque chevauchement est aussi comparé au hasard.
Exemple de question : Combien de gènes du niébé s’expriment dans les trois organes, et lesquels sont propres à chacun ?
Ce que les résultats montrent
- Combien d’éléments sont propres à un ensemble, partagés par deux, par tous.
- Si un chevauchement est plus grand qu’attendu par hasard (rapport observé / attendu, test hypergéométrique).
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- ggforce
- ggplot2
|A ∩ B| ~ |A| |B| / N · phyper(k − 1, |A|, N − |A|, |B|) · Jaccard
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| phyper, p.adjust | stats | tests des chevauchements |
| geom_circle, geom_ellipse | ggforce | cercles et ellipses |
| uniroot | stats | Venn à aires proportionnelles |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Lit les ensembles (2 à 4) et le fond.
- Compte chaque région du Venn et sa part.
- Teste chaque paire contre le hasard (hypergéométrique), p ajustées BH.
- Dessine cercles ou ellipses (ggforce), ou les barres observé / attendu avec un Venn sous chacune.
Formules principales
Chevauchement attendu
E = |A| · |B| / N ; rapport = observé / E
N est la taille du fond. Rapport > 1 : les deux ensembles partagent plus d’éléments que le hasard.
Test hypergéométrique unilatéral
p = P(X ≥ k), X ~ Hypergéométrique(N, M, n)
N éléments du fond, M annotés au terme, n d’intérêt dont k dans le terme. p petit : le terme compte plus d’éléments d’intérêt que le hasard ne le voudrait.
À citer
- Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995). Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 57(1), 289-300. doi:10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x (nouvel onglet)
- Wickham, H. (2016). ggplot2: elegant graphics for data analysis. Springer (Use R!), 2ᵉ éd.. doi:10.1007/978-3-319-24277-4 (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par élément et une colonne par ensemble (présent ou non), ou une colonne par liste, ou une ligne par groupe avec ses effectifs.
Ce que la figure demande
- Un tableau de présence (une ligne par élément, une colonne par ensemble : 1/0, oui/non, une abondance) ou une colonne par ensemble qui liste ses éléments
- De deux à quatre ensembles
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Gènes du niébé dans trois organes
Rôles : 1 200 gènes (Gene) : exprimés (1) ou non (0) dans les Racines, les Feuilles et les Tiges.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (genes_organes_niebe.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Diagramme de Venn » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.