Raincloud + nuages de points et droites
En haut, les mesures comparées entre les niveaux d’un facteur en raincloud avec les crochets des tests ; en bas, chaque mesure en nuage de points contre une variable numérique, avec la droite, son intervalle, l’équation, le R² et p.
Comparaison de groupes · Comparaisons en grille (Wilcoxon) · 5 crédits
Lancer cette figure (nouvel onglet)1.Définition
La figure
En haut, les mesures comparées entre les niveaux d’un facteur en raincloud avec les crochets des tests ; en bas, chaque mesure en nuage de points contre une variable numérique, avec la droite, son intervalle, l’équation, le R² et p.
L’analyse statistique : Comparaisons en grille (Wilcoxon)
Une grille de comparaisons : chaque variable (ligne) comparée selon chaque facteur (colonne), un test global par case puis les paires, ou chaque niveau contre un témoin.
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Comparer » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Une à huit variables numériques comparées
- Un à trois facteurs
- Une à trois variables numériques pour les régressions
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Kruskal-Wallis + Wilcoxon, ou Welch + t : Les rangs (défaut) pour des données asymétriques ou de petits effectifs ; Welch pour des mesures à peu près normales.
- Toutes les paires, ou contre un témoin : Contre un témoin quand la question est « chaque traitement fait-il mieux que le témoin ? » : moins de tests, donc plus de puissance.
- Ajustement des p-values (Holm, Benjamini-Hochberg, aucun) : Plusieurs tests à la fois multiplient les faux positifs. Holm protège contre toute erreur (prudent) ; Benjamini-Hochberg contrôle la part de fausses découvertes (adapté à beaucoup de variables) ; aucun seulement pour un test isolé.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour présenter ensemble l’effet d’un facteur sur plusieurs mesures et leur relation avec une covariable numérique (température, pluie).
Exemple de question : Les indicateurs du sol suivent-ils la matière organique, et diffèrent-ils selon la conduite ?
Ce que les résultats montrent
- Quelles variables changent selon quel facteur, d’un seul coup d’œil.
- Chaque facteur est examiné seul : pour leurs effets conjoints, passez à l’ANOVA à deux facteurs ou au GLM.
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- multcompView
- ggplot2
- rstatix
kruskal.test(y ~ facteur) → wilcox.test par paire
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| kruskal.test, oneway.test | stats | tests globaux |
| wilcox.test, t.test | stats | paires |
| multcompLetters | multcompView | lettres |
| ggplot | ggplot2 | la grille de figures |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Garde dans chaque case les lignes complètes de sa variable.
- Calcule le test global de la case (Kruskal-Wallis ou ANOVA de Welch).
- Teste les paires (ou contre le témoin) par Wilcoxon ou t de Welch, p ajustées dans la case.
- Dessine la grille : variables en lignes, facteurs en colonnes, repères au-dessus des données.
Formules principales
Kruskal-Wallis
H = 12 / (N(N + 1)) · Σ nⱼ R̄ⱼ² − 3(N + 1)
R̄ⱼ est le rang moyen du groupe j parmi les N valeurs. H suit un χ² à k − 1 ddl : p < α, au moins un groupe a des valeurs plus hautes ou plus basses. Taille d’effet ε² = H(N + 1)/(N² − 1).
Wilcoxon-Mann-Whitney
W = Σ rangs du groupe 1 − n₁(n₁ + 1)/2
Compte combien de fois une valeur du groupe 1 dépasse une valeur du groupe 2. Sans hypothèse de normalité ; p < α, une distribution est décalée par rapport à l’autre. r rang-bisérial = 2W/(n₁n₂) − 1.
Benjamini-Hochberg
p₍ᵢ₎ ajustée = min(1, min_{j≥i} m·p₍ⱼ₎ / j)
Les m p-values triées sont relevées selon leur rang : la part attendue de fausses découvertes parmi les tests significatifs reste sous α.
À citer
- Wilcoxon, F. (1945). Individual comparisons by ranking methods. Biometrics Bulletin, 1(6), 80-83. doi:10.2307/3001968 (nouvel onglet)
- Kruskal, W. H. & Wallis, W. A. (1952). Use of ranks in one-criterion variance analysis. Journal of the American Statistical Association, 47(260), 583-621. doi:10.1080/01621459.1952.10483441 (nouvel onglet)
- Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995). Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 57(1), 289-300. doi:10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par observation, 1 à 8 colonnes numériques (les lignes de la grille) et 1 à 3 colonnes de facteurs (les colonnes de la grille).
Ce que la figure demande
- Une à huit variables numériques comparées
- Un à trois facteurs
- Une à trois variables numériques pour les régressions
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Sols maraîchers des Niayes
Rôles : Matière organique, biomasse microbienne, respiration et activité enzymatique comparées selon Irrigation, Fertilisation et Culture, 72 parcelles ; chacune régressée sur la matière organique.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (sols_maraichers.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Raincloud + nuages de points et droites » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.