Grille de violons, mesures × facteurs
Chaque mesure en ligne, chaque facteur en colonne : violons, boîtes et points de chaque niveau, et dans chaque case les tests deux à deux ajustés en crochets étoilés.
Comparaison de groupes · Comparaisons en grille (Wilcoxon) · 5 crédits
Lancer cette figure (nouvel onglet)1.Définition
La figure
Chaque mesure en ligne, chaque facteur en colonne : violons, boîtes et points de chaque niveau, et dans chaque case les tests deux à deux ajustés en crochets étoilés.
L’analyse statistique : Comparaisons en grille (Wilcoxon)
Une grille de comparaisons : chaque variable (ligne) comparée selon chaque facteur (colonne), un test global par case puis les paires, ou chaque niveau contre un témoin.
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Comparer » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Une à huit variables numériques (les lignes)
- Un à trois facteurs (les colonnes)
- Wilcoxon ou t de Welch, la correction des paires
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Kruskal-Wallis + Wilcoxon, ou Welch + t : Les rangs (défaut) pour des données asymétriques ou de petits effectifs ; Welch pour des mesures à peu près normales.
- Toutes les paires, ou contre un témoin : Contre un témoin quand la question est « chaque traitement fait-il mieux que le témoin ? » : moins de tests, donc plus de puissance.
- Ajustement des p-values (Holm, Benjamini-Hochberg, aucun) : Plusieurs tests à la fois multiplient les faux positifs. Holm protège contre toute erreur (prudent) ; Benjamini-Hochberg contrôle la part de fausses découvertes (adapté à beaucoup de variables) ; aucun seulement pour un test isolé.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Quand plusieurs mesures sont comparées selon plusieurs facteurs : une grille unique résume tous les tests deux à deux pour un article.
Exemple de question : L’activité biologique du sol change-t-elle avec l’irrigation, la fertilisation et la culture ?
Ce que les résultats montrent
- Quelles variables changent selon quel facteur, d’un seul coup d’œil.
- Chaque facteur est examiné seul : pour leurs effets conjoints, passez à l’ANOVA à deux facteurs ou au GLM.
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- multcompView
- ggplot2
- rstatix
kruskal.test(y ~ facteur) → wilcox.test par paire
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| kruskal.test, oneway.test | stats | tests globaux |
| wilcox.test, t.test | stats | paires |
| multcompLetters | multcompView | lettres |
| ggplot | ggplot2 | la grille de figures |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Garde dans chaque case les lignes complètes de sa variable.
- Calcule le test global de la case (Kruskal-Wallis ou ANOVA de Welch).
- Teste les paires (ou contre le témoin) par Wilcoxon ou t de Welch, p ajustées dans la case.
- Dessine la grille : variables en lignes, facteurs en colonnes, repères au-dessus des données.
Formules principales
Kruskal-Wallis
H = 12 / (N(N + 1)) · Σ nⱼ R̄ⱼ² − 3(N + 1)
R̄ⱼ est le rang moyen du groupe j parmi les N valeurs. H suit un χ² à k − 1 ddl : p < α, au moins un groupe a des valeurs plus hautes ou plus basses. Taille d’effet ε² = H(N + 1)/(N² − 1).
Wilcoxon-Mann-Whitney
W = Σ rangs du groupe 1 − n₁(n₁ + 1)/2
Compte combien de fois une valeur du groupe 1 dépasse une valeur du groupe 2. Sans hypothèse de normalité ; p < α, une distribution est décalée par rapport à l’autre. r rang-bisérial = 2W/(n₁n₂) − 1.
Benjamini-Hochberg
p₍ᵢ₎ ajustée = min(1, min_{j≥i} m·p₍ⱼ₎ / j)
Les m p-values triées sont relevées selon leur rang : la part attendue de fausses découvertes parmi les tests significatifs reste sous α.
À citer
- Wilcoxon, F. (1945). Individual comparisons by ranking methods. Biometrics Bulletin, 1(6), 80-83. doi:10.2307/3001968 (nouvel onglet)
- Kruskal, W. H. & Wallis, W. A. (1952). Use of ranks in one-criterion variance analysis. Journal of the American Statistical Association, 47(260), 583-621. doi:10.1080/01621459.1952.10483441 (nouvel onglet)
- Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995). Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 57(1), 289-300. doi:10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par observation, 1 à 8 colonnes numériques (les lignes de la grille) et 1 à 3 colonnes de facteurs (les colonnes de la grille).
Ce que la figure demande
- Une à huit variables numériques (les lignes)
- Un à trois facteurs (les colonnes)
- Wilcoxon ou t de Welch, la correction des paires
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Sols maraîchers des Niayes
Rôles : Les indicateurs du sol en lignes, Irrigation, Fertilisation et Culture en colonnes, Wilcoxon deux à deux.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (sols_maraichers.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Grille de violons, mesures × facteurs » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.