Flux de composition (alluvial)
La composition moyenne de chaque groupe reliée au suivant par des courbes : la part de chaque partie qui monte ou descend d’un groupe à l’autre.
Composition des échantillons · Composition : abondances relatives · 5 crédits
Lancer cette figure (nouvel onglet)1.Définition
La figure
La composition moyenne de chaque groupe reliée au suivant par des courbes : la part de chaque partie qui monte ou descend d’un groupe à l’autre.
L’analyse statistique : Composition : abondances relatives
Ramène chaque échantillon à 100 % et montre la part de chaque composant (espèces, phylums, classes de taille) : barres empilées, flux, alluvial, anneaux ou diagramme ternaire, avec en option les tests par composant et une PERMANOVA.
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Composition » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Les parties du tout : une colonne numérique chacune
- Un groupe, dans l’ordre des flux
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Nombre de composants montrés (3 à 20) : Les plus abondants en moyenne, les autres réunis en « Autres » : au-delà de 12 couleurs, une figure ne se lit plus.
- Groupe et facette : Le groupe compare (régimes, sites) ; la facette sépare en panneaux (saison).
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour montrer comment la composition moyenne évolue d’un groupe au suivant (saisons, stades, profondeurs) quand l’ordre des groupes a un sens.
Exemple de question : Quels genres gagnent ou perdent du terrain d’un amendement à l’autre ?
Ce que les résultats montrent
- La composition moyenne de chaque échantillon ou groupe, les composants dominants et « Autres ».
- Avec un groupe : quels composants changent (Wilcoxon ou Kruskal-Wallis) et si la composition entière diffère (PERMANOVA).
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- ggplot2
- ggrepel
abondances relatives · PERMANOVA (Bray-Curtis)
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| wilcox.test, kruskal.test | stats | tests par composant |
| permanova (recodé) | moteur izistatistik | mêmes F et R² que vegan::adonis2 |
| ggplot, geom_text_repel | ggplot2, ggrepel | les figures |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Remplace les cases vides par 0, écarte les échantillons et les composants nuls.
- Calcule l’abondance relative de chaque composant dans chaque échantillon.
- Teste chaque composant entre groupes, p ajustées ; PERMANOVA sur Bray-Curtis.
- Dessine la figure choisie (ggplot2), « Autres » en gris.
Formules principales
Abondance relative
pᵢⱼ = xᵢⱼ / Σᵢ xᵢⱼ × 100
La part du composant i dans l’échantillon j : la somme de chaque échantillon vaut 100 %.
Dissimilarité de Bray-Curtis
BC(a, b) = Σ |aᵢ − bᵢ| / Σ (aᵢ + bᵢ)
Entre 0 (mêmes abondances) et 1 (aucune espèce en commun) : la distance usuelle entre communautés.
PERMANOVA (Anderson 2001)
F = (SC_entre / (k − 1)) / (SC_intra / (N − k)), p par 999 permutations
Les sommes des carrés viennent des distances entre échantillons. p < α : la composition diffère entre groupes ; R² = SC_entre / SC_totale.
À citer
- Anderson, M. J. (2001). A new method for non-parametric multivariate analysis of variance. Austral Ecology, 26(1), 32-46. doi:10.1111/j.1442-9993.2001.01070.pp.x (nouvel onglet)
- Kruskal, W. H. & Wallis, W. A. (1952). Use of ranks in one-criterion variance analysis. Journal of the American Statistical Association, 47(260), 583-621. doi:10.1080/01621459.1952.10483441 (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par échantillon, une colonne numérique par composant (2 à 200), et en option le nom, le groupe et la facette.
Ce que la figure demande
- Les parties du tout : une colonne numérique chacune
- Un groupe, dans l’ordre des flux
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Microbiote de sols sahéliens
Rôles : La composition moyenne de chaque Traitement, reliée à la suivante par des flux.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (microbiote_sols.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Flux de composition (alluvial) » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.