Classements reliés sur plusieurs critères
Une colonne par critère puis le rang moyen : chaque entité suivie d’un rang à l’autre par une courbe en S de sa couleur (ggbump), ses valeurs au-dessus des points, les rangs à gauche et les noms à droite, comme l’article (Nature Cancer).
Classements sur plusieurs critères · Classements sur plusieurs critères · 5 crédits
Lancer cette figure (nouvel onglet)1.Définition
La figure
Une colonne par critère puis le rang moyen : chaque entité suivie d’un rang à l’autre par une courbe en S de sa couleur (ggbump), ses valeurs au-dessus des points, les rangs à gauche et les noms à droite, comme l’article (Nature Cancer).
L’analyse statistique : Classements sur plusieurs critères
Classe des entités (signatures, variétés, sites) sur plusieurs critères, relie leurs rangs d’un critère à l’autre par des courbes, et mesure l’accord entre critères par le W de Kendall.
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Classements » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Une ligne par entité (3 à 15) : son nom et une colonne numérique par critère (2 à 8)
- Le sens de chaque critère : le plus bas est-il le meilleur ?
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Sens de chaque critère : Le plus haut d’abord ou le plus bas d’abord : un biais est meilleur quand il est bas, un rendement quand il est haut.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour montrer qu’une entité (une signature, une variété, une méthode) reste en tête quel que soit le critère, ou au contraire que le classement change d’un critère à l’autre.
Exemple de question : Quelle signature pronostique résiste le mieux au biais d’échantillonnage tumoral, sur quatre mesures à la fois ?
Ce que les résultats montrent
- Le classement final par rang moyen, et les entités dont le rang change beaucoup selon le critère.
- Si les critères sont d’accord entre eux (W, test de Friedman).
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- ggbump
- ggplot2
rank(critère) · rang moyen · W = 12 S / (m² (n³ − n)) · χ² = m (n − 1) W
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| rank | base | rangs |
| cor (Spearman) | stats | accord entre deux critères |
| sigmoid | ggbump | courbes en S |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Range les entités sur chaque critère (rang 1 = la meilleure).
- Calcule le rang moyen et l’ordre final.
- Mesure l’accord par le W de Kendall, testé par le χ² de Friedman ; Spearman entre critères.
- Dessine les courbes en S (ggbump::sigmoid) d’une colonne à l’autre.
Formules principales
W de Kendall
W = 12 S / (m² (n³ − n)) ; χ² = m (n − 1) W
S est la somme des carrés des écarts des sommes de rangs, m le nombre de critères, n d’entités. W = 1 : accord parfait ; W = 0 : aucun.
À citer
- Kendall, M. G. & Babington Smith, B. (1939). The problem of m rankings. The Annals of Mathematical Statistics, 10(3), 275-287. doi:10.1214/aoms/1177732186 (nouvel onglet)
- Wickham, H. (2016). ggplot2: elegant graphics for data analysis. Springer (Use R!), 2ᵉ éd.. doi:10.1007/978-3-319-24277-4 (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par entité (3 à 15) : son nom et une colonne numérique par critère (2 à 8).
Ce que la figure demande
- Une ligne par entité (3 à 15) : son nom et une colonne numérique par critère (2 à 8)
- Le sens de chaque critère : le plus bas est-il le meilleur ?
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Sept signatures du cancer du poumon
Rôles : Sept Signature classées par Discordant rate, Expression SD et Least Biopsy (le plus bas d’abord) et par AUC (le plus haut), puis par leur rang moyen.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (signatures_poumon_classement.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Classements reliés sur plusieurs critères » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.