Boîtes et tendance par indice
Plusieurs indices côte à côte (centrés-réduits pour tenir sur un axe), une boîte par groupe ordonné dans chacun avec ses points, un trait étoilé entre les groupes successifs qui diffèrent (Wilcoxon), et la droite de chaque indice avec la p de sa pente écrite dessous (ggpmisc), comme le script. Les traits se posent juste au-dessus des boîtes sans se toucher, les p rétrécissent ou se redressent, la légende n’entre dans le panneau que si un coin est libre.
Comparaison de groupes · Boîtes et tendance par indice · 5 crédits
Lancer cette figure (nouvel onglet)1.Définition
La figure
Plusieurs indices côte à côte (centrés-réduits pour tenir sur un axe), une boîte par groupe ordonné dans chacun avec ses points, un trait étoilé entre les groupes successifs qui diffèrent (Wilcoxon), et la droite de chaque indice avec la p de sa pente écrite dessous (ggpmisc), comme le script. Les traits se posent juste au-dessus des boîtes sans se toucher, les p rétrécissent ou se redressent, la légende n’entre dans le panneau que si un coin est libre.
L’analyse statistique : Boîtes et tendance par indice
Pour chaque indice (Shannon, Chao…), une boîte par période et la droite de tendance avec la p de sa pente : un indice monte-t-il ou descend-il le long des périodes ?
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Comparer » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Une ligne par observation : une colonne de groupe (2 à 8 groupes qui se suivent, dans l’ordre du fichier) et une colonne numérique par indice (1 à 8)
- Une colonne d’identifiants peut rester dans le fichier, elle n’est pas lue
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Valeurs en z-score ou brutes : Le z-score met tous les indices sur un même axe ; les tests se font toujours sur les valeurs brutes.
- Paires : successives, toutes ou aucune : Les successives pour suivre une évolution dans le temps.
- Ajustement des p-values (Holm, Benjamini-Hochberg, aucun) : Plusieurs tests à la fois multiplient les faux positifs. Holm protège contre toute erreur (prudent) ; Benjamini-Hochberg contrôle la part de fausses découvertes (adapté à beaucoup de variables) ; aucun seulement pour un test isolé.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour montrer comment plusieurs indices évoluent au fil de périodes, de stades ou de doses (des indices de diversité sur cinq périodes, des teneurs selon la dose) : la tendance de chacun et les étapes où il change.
Exemple de question : Les indices de diversité ACE, Chao, Shannon et Simpson montent-ils ou descendent-ils d’une période à l’autre, et entre quelles périodes changent-ils ?
Ce que les résultats montrent
- La tendance de chaque indice (pente, R², p) le long des groupes ordonnés.
- Les périodes voisines qui diffèrent (traits étoilés, Wilcoxon).
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- ggpmisc
- reshape2
scale(indices) → melt → par indice : lm(valeur ~ rang du groupe), wilcox.test(exact = FALSE) des groupes successifs · p.adjust → geom_boxplot + geom_smooth(lm) + stat_poly_eq
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| lm | stats | droites de tendance |
| stat_poly_eq | ggpmisc | étiquettes R² et p |
| melt | reshape2 | format long |
| wilcox.test | stats | paires de périodes |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Centre-réduit chaque indice si demandé (scale).
- Ajuste la droite des valeurs sur le rang des périodes (lm) : pente, R², p.
- Teste les paires par Wilcoxon (approximation normale) ou Welch.
- Dessine boîtes, points, droite et l’étiquette de ggpmisc::stat_poly_eq.
Formules principales
Droite de tendance
y = β₀ + β₁·rang + ε, t = β̂₁ / ES(β̂₁)
β₁ est le changement moyen d’une période à la suivante ; p < α : tendance significative.
z-score
z = (x − x̄) / s
Chaque indice ramené à moyenne 0 et écart type 1, pour les comparer sur un même axe.
Wilcoxon-Mann-Whitney
W = Σ rangs du groupe 1 − n₁(n₁ + 1)/2
Compte combien de fois une valeur du groupe 1 dépasse une valeur du groupe 2. Sans hypothèse de normalité ; p < α, une distribution est décalée par rapport à l’autre. r rang-bisérial = 2W/(n₁n₂) − 1.
À citer
- Wickham, H. (2007). Reshaping data with the reshape package. Journal of Statistical Software, 21(12), 1-20. doi:10.18637/jss.v021.i12 (nouvel onglet)
- Wilcoxon, F. (1945). Individual comparisons by ranking methods. Biometrics Bulletin, 1(6), 80-83. doi:10.2307/3001968 (nouvel onglet)
- Mann, H. B. & Whitney, D. R. (1947). On a test of whether one of two random variables is stochastically larger than the other. The Annals of Mathematical Statistics, 18(1), 50-60. doi:10.1214/aoms/1177730491 (nouvel onglet)
- Welch, B. L. (1947). The generalization of « Student’s » problem when several different population variances are involved. Biometrika, 34(1-2), 28-35. doi:10.1093/biomet/34.1-2.28 (nouvel onglet)
- McGill, R., Tukey, J. W. & Larsen, W. A. (1978). Variations of box plots. The American Statistician, 32(1), 12-16. doi:10.1080/00031305.1978.10479236 (nouvel onglet)
- Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995). Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 57(1), 289-300. doi:10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par échantillon : une colonne de période (2 à 8, dans l’ordre) et 1 à 8 colonnes numériques (les indices).
Ce que la figure demande
- Une ligne par observation : une colonne de groupe (2 à 8 groupes qui se suivent, dans l’ordre du fichier) et une colonne numérique par indice (1 à 8)
- Une colonne d’identifiants peut rester dans le fichier, elle n’est pas lue
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Quatre indices de diversité sur cinq périodes
Rôles : Les 4 indices de 50 échantillons (10 par période), centrés-réduits, une boîte par Période dans chacun, les périodes successives comparées par Wilcoxon et la p de la tendance de chaque indice ; la colonne Échantillon (identifiant) n’est pas lue.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (diversite_alpha_periodes.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Boîtes et tendance par indice » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.