Barres + Venn de chaque groupe sous l’axe
Une barre par groupe pour le rapport entre le chevauchement observé de deux ensembles et celui que le hasard donnerait, avec les étoiles du test hypergéométrique, et sous le nom de chaque groupe le Venn de ses deux ensembles à aires proportionnelles, comme l’article (Nat Commun 2020).
Listes et ensembles · Ensembles : Venn et chevauchements · 5 crédits
Lancer cette figure (nouvel onglet)1.Définition
La figure
Une barre par groupe pour le rapport entre le chevauchement observé de deux ensembles et celui que le hasard donnerait, avec les étoiles du test hypergéométrique, et sous le nom de chaque groupe le Venn de ses deux ensembles à aires proportionnelles, comme l’article (Nat Commun 2020).
L’analyse statistique : Ensembles : Venn et chevauchements
Compare des ensembles (gènes exprimés dans chaque organe, espèces de chaque site) : le diagramme de Venn compte chaque région, et chaque chevauchement est testé contre le hasard.
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Ensembles » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Une ligne par groupe (12 au plus) : la taille du premier ensemble, du second et de leur part commune
- Pour le rapport observé / attendu et le test : le fond, le nombre d’éléments qui pouvaient être trouvés
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Tableau de présence, listes ou effectifs : Une colonne 1/0 par ensemble, une liste d’éléments par colonne, ou directement les tailles et chevauchements par groupe.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour comparer, groupe par groupe (cancers, tissus, conditions), si deux sources de résultats se recoupent plus que le hasard, et montrer d’un coup la taille de chaque source et de leur part commune.
Exemple de question : Dans chaque cancer, les lncRNA trouvés dans TCGA et dans des données indépendantes se recoupent-ils plus que le hasard ?
Ce que les résultats montrent
- Combien d’éléments sont propres à un ensemble, partagés par deux, par tous.
- Si un chevauchement est plus grand qu’attendu par hasard (rapport observé / attendu, test hypergéométrique).
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- ggforce
- ggplot2
|A ∩ B| ~ |A| |B| / N · phyper(k − 1, |A|, N − |A|, |B|) · Jaccard
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| phyper, p.adjust | stats | tests des chevauchements |
| geom_circle, geom_ellipse | ggforce | cercles et ellipses |
| uniroot | stats | Venn à aires proportionnelles |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Lit les ensembles (2 à 4) et le fond.
- Compte chaque région du Venn et sa part.
- Teste chaque paire contre le hasard (hypergéométrique), p ajustées BH.
- Dessine cercles ou ellipses (ggforce), ou les barres observé / attendu avec un Venn sous chacune.
Formules principales
Chevauchement attendu
E = |A| · |B| / N ; rapport = observé / E
N est la taille du fond. Rapport > 1 : les deux ensembles partagent plus d’éléments que le hasard.
Test hypergéométrique unilatéral
p = P(X ≥ k), X ~ Hypergéométrique(N, M, n)
N éléments du fond, M annotés au terme, n d’intérêt dont k dans le terme. p petit : le terme compte plus d’éléments d’intérêt que le hasard ne le voudrait.
À citer
- Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995). Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 57(1), 289-300. doi:10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x (nouvel onglet)
- Wickham, H. (2016). ggplot2: elegant graphics for data analysis. Springer (Use R!), 2ᵉ éd.. doi:10.1007/978-3-319-24277-4 (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par élément et une colonne par ensemble (présent ou non), ou une colonne par liste, ou une ligne par groupe avec ses effectifs.
Ce que la figure demande
- Une ligne par groupe (12 au plus) : la taille du premier ensemble, du second et de leur part commune
- Pour le rapport observé / attendu et le test : le fond, le nombre d’éléments qui pouvaient être trouvés
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : lncRNA de six cancers, deux sources
Rôles : Six cancers (Cancer) : les lncRNA de TCGA, des données indépendantes (Independants), leur part commune (Communs) et le fond (Fond).
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (lncrna_cancers_tcga.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Barres + Venn de chaque groupe sous l’axe » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.