Arbre phylogénétique + panneaux alignés
L’arbre des lignes (ggtree) et, alignés sur ses feuilles par aplot, leur catégorie en bandeau avec un nom écrit dedans, jusqu’à trois marques (● ► ■), une heatmap de quelques colonnes et une colonne en barres, comme l’article (Nat Commun).
Composition des échantillons · Arbre et panneaux alignés · 5 crédits
Lancer cette figure (nouvel onglet)1.Définition
La figure
L’arbre des lignes (ggtree) et, alignés sur ses feuilles par aplot, leur catégorie en bandeau avec un nom écrit dedans, jusqu’à trois marques (● ► ■), une heatmap de quelques colonnes et une colonne en barres, comme l’article (Nat Commun).
L’analyse statistique : Arbre et panneaux alignés
Un arbre phylogénétique (le vôtre, ou une classification de vos lignes) aligné sur des panneaux : bandeau de catégorie, marques, heatmap et barres, comme une figure de Nature Communications.
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Composition » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Ajouter les fichiers complémentaires
Cette figure lit, en plus du tableau principal :
- Arbre phylogénétique (Newick) : Un arbre au format Newick (.nwk, .tre, .newick ou .txt) dont les feuilles portent les identifiants du fichier principal.
Pourquoi : Les identifiants doivent s’écrire exactement comme dans le fichier principal : c’est par eux que les fichiers se rejoignent.
Étape 4 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 5 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Une ligne par feuille : son identifiant, une catégorie, des marques, des colonnes numériques, à votre choix
- Un arbre au format Newick dont les feuilles portent les identifiants (sinon, la classification des lignes)
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 6 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Arbre Newick ou classification : Votre arbre phylogénétique (fichier complémentaire), sinon une classification des lignes sur les colonnes de la heatmap.
- Panneaux : Catégorie, jusqu’à trois colonnes de marques, six colonnes de heatmap et une de barres : au moins un.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 7 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 8 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 9 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour montrer des OTU, des souches ou des gènes rangés par leur parenté avec leurs caractères côte à côte : leur groupe, leur présence dans un cœur, leur réponse à des traitements, leur abondance.
Exemple de question : Comment les OTU de chaque phylum, ceux du cœur et ceux de référence, répondent-ils aux trois fertilisations ?
Ce que les résultats montrent
- Comment des caractéristiques (abondance sous chaque traitement, marques) se distribuent le long de l’arbre.
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- ape
- ggtree
- aplot
ggtree(arbre) · insert_left / insert_right (aplot) : bandeau | marques | heatmap | barres
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| read.tree | ape | lecture du Newick |
| ggtree, geom_tiplab | ggtree | l’arbre |
| insert_left, insert_right | aplot | panneaux alignés |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Lit l’arbre (ape::read.tree) ou classe les lignes (hclust, lien moyen).
- Joint les lignes aux feuilles, retire celles qui manquent.
- Dessine l’arbre (ggtree) et aligne les panneaux par aplot::insert_left / insert_right.
Formules principales
Classification sans arbre
d(i, j) = √Σ (zᵢₖ − zⱼₖ)², lien moyen
Sur les colonnes de la heatmap centrées-réduites : deux lignes proches dans l’arbre ont des profils proches.
À citer
- Yu, G., Smith, D. K., Zhu, H., Guan, Y. & Lam, T. T.-Y. (2017). ggtree: an R package for visualization and annotation of phylogenetic trees with their covariates and other associated data. Methods in Ecology and Evolution, 8(1), 28-36. doi:10.1111/2041-210X.12628 (nouvel onglet)
- Wickham, H. (2016). ggplot2: elegant graphics for data analysis. Springer (Use R!), 2ᵉ éd.. doi:10.1007/978-3-319-24277-4 (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par feuille (3 à 120) : son identifiant et les colonnes des panneaux ; l’arbre Newick en fichier complémentaire.
Ce que la figure demande
- Une ligne par feuille : son identifiant, une catégorie, des marques, des colonnes numériques, à votre choix
- Un arbre au format Newick dont les feuilles portent les identifiants (sinon, la classification des lignes)
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : OTU de sols fertilisés et leur arbre
Rôles : 70 OTU (OTUID) rangés par leur arbre : Phylum en bandeau avec le Genus, deux marques (Cross-reference OTUs, Core OTUs), CK, NPK et NPKM en heatmap, otu_abun en barres.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (otu_fertilisation_panneaux.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Arbre phylogénétique + panneaux alignés » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.